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凤凰快三2023-01-31 16:05

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提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

  近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。

  全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

  统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

  相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

  该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

  与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。

  该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

 

与其盲目囤药,不如多“囤”免疫力******

  近期,许多人都在囤药备战奥密克戎。有人因买不到药而焦虑,有人因逼近“决赛圈”而紧张,甚至有人开始提早吃药预防。在昨晚上海市卫健委、市科委、市健康促进委办公室主办的“新冠防疫大咖说”系列直播活动中,上海中医药大学附属曙光医院肺病科主任张炜表示,所谓“上工治未病”,与其盲目囤药,不如多“囤”免疫力,做到“饮食有节、起居有常、劳逸有度、情志畅达”,这对每个人都是切实可行的方法。

  这波疫情有新特点,分清“风寒”与“风热”很重要

  从中医角度看,新冠病毒属于疫病的范畴。从《黄帝内经》到《伤寒论》,中医中药治疗疫病有一套完整的理论,某种意义上说,中医历史就是与疫病斗争的历史。

  中医讲求辨证论治,所谓辨证,就是分析、辨认疾病证候,即疾病发展过程中出现的一系列症状。中医治疗新冠病毒感染,针对的不是病毒本身,而是患者表现出的证候。2020年至今,张炜一直在救治一线参与查房。据他观察,眼下这波疫情患者的证候特点的确有些变化:上半年以风、热、毒为主,现在相当部分患者都有风寒束表、外寒内热的表现,也就是所说的怕冷等症状。

  张炜强调,此轮疫情,患者主要表现为恶寒、发热、咳嗽。因此在中医治疗上,一定要先分清“风寒”与“风热”。风寒患者以怕冷为主,常伴有流清鼻涕、咽痒等症状,恶寒患者可通过发汗带走邪气。而风热患者发热较重,可伴有流脓涕、咽痛等症状。在临床治疗上,一定要辨别准确,否则可能会适得其反。

  事实上,患者反映较多的浑身酸痛、喉咙痛、头痛、咳嗽等都是寒邪的表现。比如许多网友说的“吞刀片”,这是因为肺外开窍于鼻、内开窍于咽,肺邪拥堵在咽喉,就会表现为明显的喉咙痛。而头痛也在于寒邪外达、风寒束表,肌肉酸痛也是寒化证的明显表现。

  针对热议的“感染后可否洗头洗澡”,张炜表示,中医讲究瘥后防复,包括防食复、防劳复、防药复、防病复。具体来说当身体发汗热度褪去后,毛孔处于张开状态,这时外邪易侵入体内,若再遭风寒疾病则可能加重。

  药食同源,葱姜水、炖雪梨、蒸橙子都有辅助功效

  中医疫病理论的核心是“正气存内,邪不可干”,关键在于扶正祛邪。所谓扶正,就是调节机体,提高自身免疫力。为此,今年上半年上海出台的新冠病毒预防方案中就包括曙光医院研制的代茶饮。作为一种预防手段,“曙光防疫强身饮”由黄芪、金银花、干芦根、广藿香、紫苏叶五种中药材配伍而成,最多的时候每天的开方量达3000多副。不过,对于儿童、孕妇等特殊人群,能否服用代茶饮,还需具体咨询医生。

  既然中药可起到辅助预防的效果,一些尚未感染、逼近“决赛圈”的人们可否通过提前服药来预防感染呢?对此张炜表示,中药讲求辨证治疗,对付新冠,主要从风、热、毒、淤、虚这五点切入。在人体无证的情况下提前用药,不仅疗效不明,甚至会得不偿失。因为个体之间存在差异,感染新冠病毒后,有人表现为风寒,有人表现为风热,在感染之前,不可能预知每个人具体属于哪一种。

  如果已经感染,家中又没有合适的中药材,则可通过一些药食同源的替代方法进行辅助治疗。比如葱姜红糖水,可用于早期的畏寒发汗,这个阶段,刮痧、暖腹、喝热粥都有助于缩短病程,让人舒适。炖雪梨、蒸橙子等食疗也可起到润肺功效,但应避免桔子、榴莲、芒果等燥热水果。保持肺部湿润、增加纤毛抖动,更容易排毒,从而增强自身免疫力。

  积极提升免疫力,用平和心态看待新冠,重视但不恐慌

  从西医角度看,核酸或抗原由阳转阴,则代表患者基本康复,即所谓的“阳康”。而从中医角度看,一些人核酸转阴后,仍伴随疲劳气短、腰酸出汗等症状。张炜说,处于康复期的人们可通过中医调理有针对性地进行治疗,即瘥后防复。比如,疲劳气短是气虚的表现,可通过人参、黄芪扶正补气,腰酸出汗的人群可服用六味地黄丸等补肾益气。

  同时,一些遗留的呼吸道症状也要抓紧治愈,不要拖成慢性呼吸系统疾病。张炜提醒“阳康”们,尽管短期内二次感染的比例非常低,但若免疫力低下仍存在再次感染的可能。康复后的两个月之内,普通感冒也要当心。

  张炜建议,老年人和患有基础疾病的人群,在积极治疗心、脑、肾等基础疾病的同时,可通过八段锦、太极拳等中低强度的锻炼,帮助尽早恢复。

  随着新冠病毒感染纳入“乙类乙管”,张炜希望大家用平和心态看待新冠,要重视但不要恐慌和紧张,饮食有节、起居有常、劳逸有度、情志畅达,以积极向上的生活状态面对新冠病毒的常态化管理。(记者 任荃)

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